El primer convento aquí situado se fundó entorno a 1218 junto a la cueva donde se martirizó Santo Domingo. Reconstruyéndose durante el siglo XV.

El conjunto se dispone siguiendo el eje sur-norte, articulándose entorno a cuatro claustros.

La imagen que ofrece el claustro principal es consecuencia de una transformación sufrida durante los primeros años del s. XIX conservando su planta cuadrada y desarrollando en tres alturas con galerías acristaladas. A su alrededor se disponen la dependencias más significativas, sala capitular, refectorio y el muro de la iglesia.

La Iglesia es de una sola nave y capillas en el lado de la epístola. Tiene bóveda de crucería dividida en tramos y coro alto a los pies.

Destaca la portada de la Iglesia, mandada construir por la Reina Isabel la Católica que aparece en actitud orante junto a su marido Fernando tallada en la misma piedra. 

Actualmente es la sede del IE Universidad