En 1783 la Real sociedad Económica de Amigos del País pidió al Ayuntamiento la cesión de unos terrenos para la creación de un vivero de árboles ornamentales. La idea era plantar allí especies que luego decorarían la ciudad en conformidad con los aires de regeneración urbana del siglo XVIII. La entidad propuso "un terreno baldío al nordeste de Santo Tomé, muy a propósito para el pensamiento". El Ayuntamiento atendió la petición, y con el añadido de una huerta lindera, los Amigos del País nivelaron el espacio, lo dotaron de dos albercas de riego, y en cuatro años demostraron que "la industria basta para hacer de un paraje pantanoso e inmundo un sitio delicioso y fructífero".

Ciertamente el lugar respondió al proyecto y pocos años después ya se planteaba la idea de convertirlo en jardín botánico, cosa que llegó en 1801. Ya para entonces, de allí salían los nogales y castaños de la Alameda y otros espacios de Segovia. De esta época se sospecha son los más antiguos ejemplares del actual parque, una encina y un cedro.

Años más tarde volverá a propiedad municipal y tras diversas vicisitudes y reformas ha llegado hasta nosotros convertido en Centro de Biodiversidad Urbana. espacio convertido en un importante recurso educativo gracias al programa "Segovia educa en verde".

Actualmente sus 6.080 m2 de superficie acogen las especies más representativas de nuestra flora mayor, es decir, árboles, arbustos y matas de los ecosistemas presentes en Segovia además de plantas decorativas, aromáticas y de uso medicinal.